Der BKV versteht sich als Interessenvertreter aller Kanuten. Er setzt sich massiv für den Erhalt der Wassersportreviere ein.

Die Mitglieder seines Ressorts Umwelt und Gewässer arbeiten dafür eng mit Wasserwirtschaftsämtern und anderen Behörden zusammen, auch um unvermeidbare Eingriffe in die natürlichen Gewässer paddierfreundlich zu gestalten, Wehre mit Bootsgassen, Bootsrutschen oder befestigten Umtragestellen zu versehen oder bei der Aufstellung amtlicher Gewässerpflegepläne. Vereine haben Bachpatenschaften übernommen (z.B. ETSV 09 Landshut). In seinen Positionspapieren bezieht der BKV Stellung zu Themen wie "Kanusport und Nutzungskonflikt', 'Kanusport und Naturschutz', 'Kanusport und Wasserbau", "Kanusport und Wasserkraft" oder "kommerzieller Kanusport'. Schilder weisen auf Umtragestellen und Befahrungsregelungen hin. Für seine Aufklärungsarbeit über naturverträglichen Kanusport wurde dem Bayerischen Kanu-Verband der Umweltpreis 1994/95 des Bayerischen Staatsministeriums verliehen.